蛋白电泳的分子筛效应和电荷效应
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分子筛效应：
大小和形状不同的蛋白质通过一定孔径分离胶时，受阻滞的程度不同而表现出不同的迁移率 ，这就是分子筛效应。
电荷效应：
蛋白质样品在界面处被浓缩成一狭窄的高浓度蛋白质区，但由于每种蛋白质分子所带有效电荷不同，因而泳动率也不同，因此各种蛋白质就按泳动率快慢顺序排列成一个一个区带。在进入分离胶时，电荷效应仍起作用。目前，PAGE连续体系应用也很广，虽然电泳过程中无浓缩效应，但利用分子筛及电荷效应也可使样品得到较好的分离，加之在温和的pH条件下，不致使蛋白质、酶、核酸等活性物质变性失活，也显示了它的优越性。
电泳技术与病毒
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不同大小的蛋白质和核酸可以通过聚丙烯酰胺凝胶和琼脂糖凝胶电泳分离开来。在多数电泳技术中，每一种蛋白质或者核酸会形成一个条带。电泳技术的原理在于不同分子量的分子在凝胶中移动速率不同。将大小未知的蛋白质或者核酸分子在凝胶中的位置与相同凝胶中大小已知的分子比较，就能估计未知分子的大小。SDS-PAGE是在聚丙烯酰胺凝胶中在SDS去污剂存在情况下屏蔽掉蛋白质带电不同，大号水平电泳槽公司，从而估计蛋白质分子量。
复杂的病毒成分可以按照双向电泳进行分离，即先按照蛋白质等电点进行分离（等电聚焦电泳），大号水平电泳槽批发，再依据蛋白质分子量进行第二向的分离（SDS-PAGE）。
核酸或者蛋白质经过电泳分离的谱型可以通过将其从凝胶上转移（印迹）到一层固相膜上。如果转移的是DNA，就叫sourthern印迹技术，用以纪念它的发明者EdwinSouthern；如果是RNA分子，就叫Nouthern blot，如果是蛋白质分子就是Western Blot。
蛋白电泳
我们通常把“蛋白电泳”俗称为跑胶，如果按照这个字面意思来理解的话就是把蛋白质放在胶上跑，为啥要让蛋白质在胶上跑呢？我们提到的蛋白是总蛋白，也就是说细胞里所有（理论上）蛋白都在里头了，但是我们要检测的只是其中的一两种，所以我们得想办法把各种蛋白质分离开，借助的方法就是跑胶。与核酸电泳一样，蛋白质电泳也需要marker和loadingbuffer。与核酸电泳不一样的是，蛋白电泳（做WB时）的marker本身就是带有颜色的，在电泳过程中，大号水平电泳槽哪家好，我们可以清楚地看到marker上的每一个条带的位置，而核酸电泳的过程中我们是看不到marker的每一条带的，只有把胶经过核酸染料染色后，大号水平电泳槽，并且在紫外光下我们才能看到marker的条带。
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